Алхимия — Полноправная наука в мире братьев Элриков, применяемая во многих областях жизни, алхимия в FMA подразумевает трехэтапный процесс, проводимый при помощи круга преобразования. Первый шаг — понимание структуры вещества, второй — декомпозиция, третий — реконструкция.
Врата Алхимии, Врата истины — посредник источников энергии для алхимических преобразований. Помимо прочего, Врата управляют жизнью, смертью и являются границей между двумя мирами, миром FMA и нашим миром, в котором идёт Первая Мировая Война. Посетивший Врата постигает многое из того, о чем когда-либо догадывались во всем мирах Вселенной, в частности — способ совершать трансмутацию без кругов преобразований (см. ниже). За это ему обычно многое приходится и отдать.
Гомункул (homunculus) — совершенное человеческое тело, воссозданное алхимиком в результате неудачной попытки человеческой алхимии, не имеющее души. Гомункулы могут мыслить, чувствовать, разговаривать, и неотличимы в этом от обычных людей. При этом они не стареют, и почти не способны применять алхимию произвольно, зато зачастую обладают одной или несколькими алхимическими суперспособностями. Обладают остатками воспоминаний от тех мёртвых тел, которых пытались воскресить, возможно даже чувств и эмоций. Слабеют оказавшись по близости останков своих тел и могут от этого умереть.
Круг преобразования — фигура, определяющая сущность проводимого процесса преобразования. Круг определяет циркуляцию энергии в трансформируемом объекте. Внешний вид кругов преобразования сильно зависит от цели их применения, и варьирует от самых простых до довольно запутанных. Круги могут быть начерчены на цели преобразования, рядом с ней, на одежде алхимика, или даже вытатуированы на его коже.
Печать кровью — вид круга преобразования, связывающий душу с неодушевлённым предметом, нарисованный кровью. Если просто стереть эту печать или сломать её, то душа покидает этот предмет.
Преобразование, Трансмутация — процесс, в результате которого вещество и детали объекта изменяют свои характеристики, но практически всегда сохраняя количество веществ. Во время этого процесса потребляется энергия мёртвых душ другого мира.
Равноценный обмен — правило, которое считается основополагающим в алхимии: чтобы получить что-либо, нечто равнозначное надо отдать. Это отдалённо напоминает закон сохранения материи, впервые сформулированный Антуаном Лавуазье в 1785. Этот закон оспаривается главными персонажами сериала.
Философский камень — артефакт, позволяющий, по слухам, совершать преобразования в обход принципа равноценного обмена. Для получения его из незавершённого камня могут потребоваться челоческие жертвоприношения. Может иметь любую форму и размер, растрачиваясь от совершённой человеческой алхимии.
Философский камень, незавершенный — недоработанный или испорченный экземпляр философского камня, зачастую называемый красным камнем. Будучи намного более слабым, чем философский, красный камень все же может многократно усиливать алхимическое воздействие. Единственная сложность в том, что испорченные образцы могут легко выходить из строя, и наносить повреждения применяющему их алхимику. Для создания камня необходимо вещество, называемое красной жидкостью или красной водой. Ядовитые свойства этой субстанции компенсируются усиливающим воздействием, оказываемым ею на алхимические реакции. Для его получения часто требуются человеческие жертвоприношения. Этими камнями питаются гомункулы, которые им кажутся вкусными, получая таким образом силу, но для человека это яд.